1、菌肥拌种时，需选择质量过关的菌肥，切忌选用杂菌含量高或过期的菌肥产品。
2、土壤过于干燥时，需及时浇水。雨季时，需及时排干田间积水并对土壤进行改良。
3、根据作物种类选择对应的菌肥，比如含根瘤菌的菌肥适用于豆科作物，含钾菌肥适用于缺钾土壤以及作物。
一、菌肥拌种的关键
1、选用质量合格的微生物肥料
质量低下、杂菌含量高或过期的产品不可施用。应选择有可靠技术背景和技术来源、质量性能稳定的菌肥。
2、创造适宜的土壤环境
土壤过分干燥，应及时浇灌。大雨后要及时排除田间积水，改良土壤，合理耕作，提高土壤的通透性。
3、量体裁衣选择菌肥
有些菌肥只含有根瘤菌，那就只能在豆科作物上应用。有的菌肥只含钾（硅酸盐菌肥），对缺钾土壤和作物效果较好，但对氮、磷贡献就太小了，所以选择菌肥时要因种而异。
二、菌肥施用注意事项
1、因地制宜
对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，由于硫能杀死生物菌。对于翻浆的水田，通常不用撒施，用喷雾的方式效果更明显。
2、因温制宜
施用菌肥的温度是25℃～37℃，低于5℃，高于45℃，施用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。同时还应掌握固氮菌适宜土壤的含水量是60％～70％。
3、因混制宜
应注意，不应将菌肥与剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥（如硫酸钾等）以及稻草灰混合用，由于这些药、肥非常容易杀死生物菌。或者先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好剂的种子混合使用。还应避免与未腐熟的农家肥混肥。
4、因量制宜
对于多年来施用化肥的田块，施用生物菌肥时不可大量减施化肥和有机肥，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子适应，因此，其取代量应做到、第二、第三年分别取代30％、40％和60％，磷、钾肥只能补足，不可减少。
5、因时制宜
生物菌肥不是肥，在作物的营养临界期和营养大量吸收期前7～10天施用，效果。
