微生物肥料与化肥之间为互补关系。
1、微生物肥料无法完全代替化肥，但可以减少化肥的施加量，提高化肥的利用率以及土壤的养分含量。
2、微生物肥料需要与化肥搭配施加，施肥时先是施加微生物肥料，3天后再施加化肥。
一、微生物肥料与化肥的关系
1、微生物肥料与化肥之间是互补的关系。微生物肥料不可代替化肥，但能减少化肥的使用量，并提高肥料的利用率。
2、微生物肥料可提高土壤的养分含量，因此在相同地力水平的土壤上可以减少化肥的用量，并获得相同的增产效果。可以说，微生物肥料的使用是实现化肥减量的科学而有效的农业生产措施。
3、微生物肥料具有化肥所不具备的一些特殊作用。在农业生长中，应将化肥与微生物肥料根据作物的需求和土壤的墒情，有所侧重，配合使用，这样才可以确保农作物的健康茁壮成长。它们在配合使用时，最好是先施用微生物肥料，等3天左右再施用化肥。
二、微生物肥料可以修复土壤吗
1、微生物肥料长期使用可以修复被污染的土壤，这个说法是完全正确的。微生物对修复金属污染、有机污染、盐碱化、荒漠化等土地等都有一定的功效。
2、微生物肥料对解决土壤问题有一定的好处，使用微生物肥料后，不仅能大量减少化肥的使用量，还可以降低农药使用量，减少农药在作物里面的残留量。
3、同时微生物肥料中的微生物菌群可以促进土壤生态系统中碳、氮、氧等元素进行良性循环，从而修复并使土壤生态系统达到新的平衡。
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